Myrskylä kommuns förvaltningsorganisation är uppdelad i tre verksamhetsområden. Dessa är förvaltnings- och stödtjänster, utbildnings- och kulturverksamhet samt tekniska tjänster.
Kommunchefen leder, under kommunstyrelsens överinseende, kommunens förvaltning, ekonomiförvaltning, kommunkoncernen och övrig verksamhet. Kommunens ledningsgrupp består av tjänstemän från olika verksamhetsområden och ansvarsområden.
